Η ομάδα ιδρύθηκε το 2000 μετά από συνένωση 2 ομάδων (5χ5) μηχανικών 737 (CRONUS) & RJ (AEGEAN) 15 ατόμων και συμμετείχε σε πρωτάθλημα Ανεξάρτητο 7Χ7 για πρώτη φορά με το όνομα AVIATORS και το οποίο ακολουθούσε την ομάδα μέχρι το 2004 και έχοντας έως τότε μια κατάκτηση  πρωταθλήματος  το 2003 σε 7Χ7.

Το 2004 με το σκεπτικό συμμετοχής σε μεγαλύτερο πρωτάθλημα 9Χ9 αποφασίστηκε να ενταχθούν στην ομάδα εργαζόμενοι από διαφορετικά τμήματα της εταιρείας (Πιλότοι, Rump Agent, Ground staff) και καθ’ ότι είχε ολοκληρωθεί η συγχώνευση των 2 εταιριών (Aegean-Cronus) η ομάδα μετονομάστηκε σε ΑΕΡΟΠΟΡΙΑ ΑΙΓΑΙΟΥ F.C.

Η ομάδα ξεκινώντας το 2004 από την Β’ Κατηγορία στο Ανεξάρτητο Πρωτάθλημα 9Χ9 προβιβάστηκε το 2006 κατακτώντας το πρωτάθλημα στην Β’ Κατηγορία και παρέμεινε στο πρωτάθλημα της Α’ Κατηγορίας μέχρι το 2008, που κατέκτησε τη 2η θέση της βαθμολογίας.

Το 2007 αποφασίστηκε να μεταπηδήσει σε Εργασιακό Πρωτάθλημα Εταιρειών 11Χ11 (Corporate League) με την ομάδα να απαρτίζεται πλέον από 30 άτομα από όλα τα τμήματα της εταιρείας. ( Τεχνικό, Πιλότοι, OCC, Ground Staff, Stores ). Η ομάδα τερμάτισε στην 9η θέση. Το 2008 στην 6η θέση και το 2009 στην 4η θέση.

Το 2010 μεταπήδησε στο Εργασιακό Πρωτάθλημα 11Χ11 της Ε.Σ.Ε.Α. ( Ένωση Σωματείων Εργασιακού Αθλητισμού ) & μάλιστα ως ιδρυτικό μέλος, στο οποίο συμμετέχει ανελλιπώς μέχρι σήμερα με το όνομα της ομάδας να έχει πλέον μετονομαστεί σε Aegean F.C.

Η ομάδα πλέον απαρτίζεται από 30 άτομα.

Αυτά τα 8 χρόνια ( εξαιρουμένων των ΤΡΙΩΝ σχεδόν χρόνων όπου λόγω COVID οι δραστηριότητες είχαν ουσιαστικά ανασταλεί ) η ομάδα έχει βραβευτεί 3 φορές με το βραβείο ΗΘΟΥΣ (2012 , 2013 & 2017) και επίσης πλειάδα παικτών με διάφορες τιμητικές διακρίσεις.

Το 2014 ήρθε και ο πρώτος εγχώριος τίτλος κατακτώντας το ΚΥΠΕΛΛΟ της διοργάνωσης.

Το 2018 η ομάδα τερμάτισε στην 3η θέση πρωταθλήματος και το 2020 & 2022 κατέκτησε τη 2η θέση πρωταθλήματος.

Τέλος να αναφερθεί ότι, η ομάδα κάθε καλοκαίρι συμμετέχει από το 2007 μέχρι και το 2018, στο τουρνουά της Lufthansa 7Χ7 ( LFT Cup) όπου η ομάδα έχει κατακτήσει 4 φορές το τίτλο : 2011 Athens , 2012 , 2016 , 2018 Germany. Στο ευρωπαϊκό αυτό τουρνουά συμμετέχουν συνήθως 12-14 ομάδες αεροπορικών εταιρειών, καθώς και εταιρίες που συνεργάζονται με την Lufthansa.

Τις υπόλοιπες χρονιές η ομάδα έχει καταταγεί : ΜΙΑ φορά 2η , ΔΥΟ 3η , ΜΙΑ 4η , ΜΙΑ 5η & ΜΙΑ 6η.